原重慶市文物考古所。 2000年成立,2006年獨立。
2008年增掛“重慶文化遺產保護中心”牌子。
2011年12月,更名“重慶市文化遺產研究院”,新增信息咨詢和培訓職能。
2012年9月18日,重慶市文物工作會上“重慶市文化遺產研究院”正式掛牌成立。
2021年經市編委批準更名為重慶市文物考古研究院。